La acción se narra desde el punto de vista de Bruno, el hijo de nueve años de un militar de alto rango nazi. La familia de Bruno se ve obligada a abandonar Berlin cuando a su padre lo destinan para trabajar en el campo de exterminio de Auschwitz. La familia acepta el cambio con resignación. Desde la ventana de su nueva habitación Bruno divisa una verja tras la cual hay personas que siempre llevan puesto un "pijama a rayas"; en realidad se trata de judíos prisioneros. Explorando los alrededores de su nuevo hogar, Bruno conoce a través de la valla de seguridad del campo a un niño judío polaco llamado Shmuel, nombre que Bruno no ha oído antes pero que parece ser bastante común en ese sitio. Shmuel le cuenta la historia de su deportación y las terribles condiciones de la vida en el campo. Bruno entabla amistad con él y le visita a menudo, llevándole comida. Tras diversas peripecias, un día la madre de Bruno decide que el campo no es un lugar adecuado para vivir con su familia y toma la decisión de volver a Berlín.
Antes de irse, Bruno visita a Shmuel para despedirse y este le cuenta entre sollozos que no encuentra a su padre, ante lo que Bruno le promete ayudarle a buscarlo. Entra en el campo excavando bajo la verja y se pone un uniforme de preso que le consigue su amigo. No consiguen encontrar al padre de Shmuel y llueve, por lo que Bruno quiere volver a casa. En lugar de eso, los guardias del campo les obligan a entrar junto a una muchedumbre en un lugar "cálido" y "seguro". La historia finaliza cuando los dos niños agarrados de la mano entran dentro de una camara de Gas y mueren con los demás presos judíos.
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